Filem ini mengisahkan permulaan hidup 4 penguin (Skipper,Kowalski,Rico dan Private) yang tersasar dari tanah asal mereka ,Antartika.Daripada pembuat filem Madagascar,2000 Century Fox dan Dreamworks memaparkan sebuah kisah dimana penguins of madagascar ini telah dipilih sebagai Agen Rahsia .

Filem ini juga merupakan pembuka kisah hidup Penguins of Madagascar dan sambungan kisah hidup Penguins of Madagascar selepas tamatnya pengembaraan Alex dan rakan-rakannya dalam filem Madagascar 3.Nantikan filem ini pada hari kesyukuran ini (November 26) di pawagam AmerikaSyarikat.